2025年南京工业大学王牌专业包括：国家级特色专业、国家级一流专业、省级一流专业。其中国家级特色专业有：生物工程专业、过程装备与控制工程专业、安全工程专业，国家级一流专业有：自动化专业、安全工程专业、建筑电气与智能化专业，省级一流专业有：消防工程专业、产品设计专业、应用化学专业。
南京工业大学国家级特色专业
国家级特色专业包含：生物工程、过程装备与控制工程、安全工程等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 生物工程 |
| 2 | 过程装备与控制工程 |
| 3 | 安全工程 |
| 4 | 化学工程与工艺 |
| 5 | 计算机科学与技术 |
| 6 | 土木工程 |
| 7 | 材料科学与工程 |
南京工业大学国家级一流专业
国家级一流专业包含：自动化、安全工程、建筑电气与智能化等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 自动化 |
| 2 | 安全工程 |
| 3 | 建筑电气与智能化 |
| 4 | 环境工程 |
| 5 | 土木工程 |
| 6 | 计算机科学与技术 |
| 7 | 交通工程 |
| 8 | 城乡规划 |
| 9 | 材料科学与工程 |
| 10 | 建筑环境与能源应用工程 |
| 11 | 电子信息工程 |
| 12 | 能源与动力工程 |
| 13 | 机械工程 |
| 14 | 建筑学 |
| 15 | 食品科学与工程 |
| 16 | 高分子材料与工程 |
| 17 | 化学工程与工艺 |
| 18 | 生物工程 |
| 19 | 电气工程及其自动化 |
| 20 | 制药工程 |
| 21 | 环境设计 |
| 22 | 无机非金属材料工程 |
| 23 | 测绘工程 |
| 24 | 给排水科学与工程 |
| 25 | 日语 |
| 26 | 城市地下空间工程 |
| 27 | 工程管理 |
| 28 | 化学 |
| 29 | 金属材料工程 |
| 30 | 测控技术与仪器 |
| 31 | 过程装备与控制工程 |
南京工业大学省级一流专业
省级一流专业包含：消防工程、产品设计、应用化学等。
| 序号 | 专业名称 |
|---|---|
| 1 | 消防工程 |
| 2 | 产品设计 |
| 3 | 应用化学 |
| 4 | 光电信息科学与工程 |
| 5 | 复合材料与工程 |
| 6 | 药物制剂 |
| 7 | 地理信息科学 |
| 8 | 新能源材料与器件 |
| 9 | 地质工程 |
| 10 | 轻化工程 |
| 11 | 通信工程 |
| 12 | 车辆工程 |
| 13 | 新能源科学与工程 |
| 14 | 市场营销 |
| 15 | 风景园林 |
| 16 | 药学 |
| 17 | 英语 |
| 18 | 数学与应用数学 |
| 19 | 汉语国际教育 |
| 20 | 金融学 |
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