民办高校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育部行政规章设立的。独立学院一定是本科，而民办高校专本科都有。民办院校和独立院校的毕业证书，有比较大的区别，民办院校的毕业证书就是该学校的名字。而独立院校因为和他关联的公办高校是有关的，因此独立院校的毕业证书上面，都是和关联院校存在名字上的联系的。
独立学院与民办学院的区别
区别一：民办高校是按照民办教育促进法设立的，而独立学院是教育部行政规章设立的。独立学院一定是本科，而民办高校专本科都有。
区别二：独立学院的举办方一定是普通高校，合作方是社会力量，而民办则只有社会力量作为举办者，这是区分两者的最简单的一点。因此，独立学院一般设在某个大学名下。比如山西大学商务学院，海南大学三亚学院等。
区别三：民办就是有自己的校名，自己组织机构，自己的师资，自己的校园，自己独立颁发毕业证书。独立学院的毕业生将获得获国家承认的学历证书。与学校本部毕业证书不同的是，其毕业证书上加盖的是某某大学某某学院印章，而学校本部学生的毕业证书只盖有学校校名印章。
区别四：独立学院的专业是从当时母校中相对较热、较强的专业中建立设置的。独立学院母校名气大的生源会好一些，当然录取分数就会高一些。而民办院校的特色专业生源也会好一些，录取分数也会高一些。
区别五：独立学院可以毕业时，如果成绩好可以推荐使用挂名院校的毕业证。这种毕业证可能也略有差别。比如北大本校毕业生领取红色的毕业证，而独立学院的北大毕业证是蓝色的。
独立学院与民办学院的毕业证区别
民办院校和独立院校的区别只有一点就是学院性质不同：
1、民办学校是指国家机构以外的社会组织或者个人，利用非国家财政性经费，面向社会依法举办的学校或其他教育机构。
2、独立学院，是指实施本科以上学历教育的普通高等学校与国家机构以外的社会组织或者个人合作，利用非国家财政性经费举办的实施本科学历教育的高等学校，因而独立学院学费是公立大学的三到四倍。
独立院校和民办院校哪个好
独立学院和民办学院都是属于民办性质，所以两者的学费标准差不多，开设的专业也都是比较热门的专业，录取分数方面也都是互有长短，所以，对于很多考生和家长来说，都不知道选择哪一个比较好。这两者不可比，他们都各有各的优势和特点。
民办学院在我国已经开办了几十年了，在这其中也有很多好学校，都是比较有名气的。而独立学院的开办历史并没有民办学院那么长，但是独立学院的优势在于依托挂名学院的优质教育资源和师资力量，起点上比较高，这一点优势是民办学院没有的。
在有些省份，民办学院和独立学院并没有安排在同一个批次录取，有的在二本批次，有的在三本批次。很多考生就会认为，本科二批录取的院校一定比本科三批录取的院校好，对于这一点，是无可厚非的，因为每个人都有自己的判断。