细胞进行有氧呼吸的主要场所在线粒体内。无氧呼吸主要在细胞基质内。有的原核生物，如硝化细菌和根瘤菌，虽然没有线粒体，但却含有全套的与有氧呼吸有关的酶，这些酶分布在细胞质基质和细胞膜上，因此，这些细胞是可以进行有氧呼吸的。
什么是有氧呼吸
有氧呼吸是一种生物体利用氧气从食物中提取能量的过程。它是生物体获得能量的主要方式。有氧呼吸是由细胞内的四种基本代谢过程组成的：氧化糖分解、脂肪酸氧化、蛋白质氧化和氨基酸氧化。它们都需要氧气作为氧化剂，以及一定的酶来辅助反应。
氧化糖分解是有氧呼吸的第一步，也是最重要的步骤，它的过程是将糖分解成二氧化碳和水，并释放出大量的能量。脂肪酸氧化是指将脂肪酸氧化成二氧化碳和水，释放出大量能量。蛋白质氧化是指将蛋白质氧化成氨基酸，并释放出能量。氨基酸氧化是指将氨基酸氧化成二氧化碳和水，释放出能量。
有氧呼吸的最终产物是二氧化碳和水，而能量是以（三磷酸腺苷）的形式释放出来的。它是生物体中最重要的能量载体，可以提供能量，以支持生物体的各种活动，如运动、新陈代谢和细胞内的各种生物化学反应。
细胞有氧呼吸的详细三个阶段
第一阶段：在细胞质的基质中，一个分子的葡萄糖分解成两个分子的丙酮酸，同时脱下4个[H](活化氢)；在葡萄糖分解的过程中释放出少量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生少量的ATP。这一阶段不需要氧的参与，是在细胞质基质中进行的。
第二阶段：丙酮酸进入线粒体的基质中，两分子丙酮酸和6个水分子中的氢全部脱下，共脱下20个[H]，丙酮酸被氧化分解成二氧化碳；在此过程释放少量的能量，其中一部分用于合成ATP，产生少量的能量。这一阶段也不需要氧的参与，是在线粒体基质中进行的。
第三阶段：在线粒体的内膜上，前两阶段脱下的共24个[H]与从外界吸收或叶绿体光合作用产生的6个O2结合成水；在此过程中释放大量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，产生大量的能量。这一阶段需要氧的参与，是在线粒体内膜上进行的。