环境工程专业的主要目标是培养熟悉环境科学与工程学科的基础理论知识、掌握环境信息监测（检测）、环境污染防治与环境系统管理的主要技术方法、具备船舶和港口污染防治与管理等海洋特色技能的高级工程技术人才和专业管理人才。毕业生可在环境监测（检测）、环境污染防治、环境规划与管理、城市排水系统、海事危防、海洋环境保护等相关领域从事监测、规划、设计、运行、科学研究、技术开发和管理等工作。
主要课程：无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、环境化学、环境工程原理、流体力学、环境工程微生物学、环境科学概论、环境监测技术、大气污染控制工程、水污染控制工程、固体废弃物处理技术、排水管网工程、危险物质管理、环境影响评价、船舶与港口防污染技术。
就业方向：学生毕业后可以在政府、环境监测单位、环保企业、咨询公司、海事部门、港口及航运企业、设计院所、科研单位以及大中专学校从事规划、管理、设计、施工、教育和研究开发等工作。主要合作单位有国家海洋局东海环境监测中心、国家海洋局东海标准计量中心、上海市化工环保监测站、中国海事局危防处、上海海事局危防处以及各大航运企业。