生物工程专业是“国家高等学校第一类特色专业建设点”，在2012中国大学专业排行榜中（来自武书连《中国大学评价》）被评为12个等级中的最高级--A++级，位列全国233个相同专业高校第5名（前2%）；由中国科学评价研究中心（RCCSE）、武汉大学中国教育质量评价中心联合中国科教评价网推出《2016年中国大学及学科专业评价报告》中，重庆大学生物工程专业水平为5★。
重庆大学生物工程学专业以数理科学、生物医学、工程学为基础，侧重于培养从事细胞与基因工程、生物医用材料等领域的工程设计、生产与科学研究的高素质、复合型创新工程技术人才，将生物力学、生物材料等工程原理方法与细胞/基因等生物技术相结合，具备综合运用数理方法和生物学、化学原理解决医疗健康复杂工程问题的知识运用和实践能力，以及生物工程装置与设备的结构与设计、工艺设计及优化、生物医药产品开发等工程素质。