生物工程是国家“211工程”和国家“985优势学科创新平台”建设的重点学科。实施生物工程与生物技术大类招生规划，推进理工结合，形成生物科学、技术、工程上下游贯通。按照“大类招生、分流培养”规划思想，学生入学后，经过基础课学习，可根据自己的兴趣和意愿，自主选择进入生物工程或生物技术专业。与国内同类专业相比，本专业在生物炼制、生物资源与生物能源、生物催化、新型生物分离技术、环境友好材料等领域享有较高声誉。现代生物技术日渐渗透到人类生活的众多领域。从发展前景看，人类为解决粮食、医疗保健、能源和环境等重大问题，充分有效地利用可再生的生物资源，必须大力发展生物工程产业，其主要领域可概括为四大方面：医疗卫生业、能源环境业、轻工食品业和农林牧渔业。
本专业是学校的重点建设专业，被评为教育部和北京市特色专业。与国内同类专业相比，在生物炼制、生物资源与生物能源、生物催化、新型生物分离技术、环境友好材料、生物材料等领域享有较高声誉。生物工程与技术专业的发展与生物工程与技术产业的发展密不可分，人才培养目标与规格具有突出的实践性特点。本专业将科研成果融入教学之中，实施导师制，本硕博连读、实验班、卓越工程师实验班、联合培养等立交桥式多元化培养模式。本专业在学术研究和教学内容方面与国际接轨程度高。
本专业入选教育部实施的卓越工程师教育培养计划。该卓越工程师实验班突出工程实践能力培养，单独一套完整的培养体系，建立了国家级工程实践实习基地，与法国工程师精英教育突出的学校签署了联合培养项目。
专业基础课程和专业方向课程包括：生物化学、微生物学、分子生物学与基因工程、化工原理、生物工艺学、生化反应工程、生化分离工程、基因组学、细胞生物学与细胞工程、酶工程与蛋白质工程、病毒学、免疫学、生物信息学、生化工艺设计、生化分离实验、环境工程微生物学、生态与资源环境。
特色课程包括：微生物学、分子生物学与基因工程、生物工艺学、生化反应工程等。
专业实践包括：微生物实验、生物化学实验、分子生物学实验等。
课程学习与综合素质能力提高的途径包括：导师制，科技创新大赛，萌芽杯，本硕博选拔，工程实践等。
本科生在大一、大二期间可以参加萌芽杯作为科研启蒙训练，大三可以通过导师制或本硕博选拔环节参加导师的实际科研项目，还可以自己成立小团队参加大学生创新创业训练计划等自立科研项目，在大四期间需要进行为期一年的毕业设计，独立地进行科研实验。还可以通过挑战杯以及其他专业竞赛、学科交叉班等途径参与科研活动。本专业有多名学生通过导师制、本硕博的科研项目在本科学习期间作为第一作者在美国科学引文索引(SCI)收录的专业核心期刊上发表研究论文。
我们对毕业生的本硕连读或本硕博连读、出国、考研以及就业等情况都有统计，具体情况请参见“近三年毕业生深造、留学和就业情况统计”表格。
生物工程是由分子生物学、基因工程、细胞工程、酶工程、微生物工程以及生物化学工程学等多学科相互交叉渗透、融合、发展而成的新兴的工程技术学科。是21世纪三大前沿学科之一，对国民经济可持续发展，改善人类的生存环境和生活质量有着极其重要的作用，具有广阔的发展前景。
　　本专业具有良好的教学和科研环境，治学治教严谨，学术思想活跃，国内外学术交流、人才联合培养和科技合作广泛，具有学士、硕士和博士学位授予权。本专业以培养适应21世纪发展要求的高科技人才为目标，注重基础理论和知识的教学，注重学生全面素质和创新精神的培养，注重英语、计算机应用、实验技能和工程能力的提高，以满足拓宽择业面和长远发展的需要。
　　本专业学生主要学习微生物学、生物化学、分子生物学、基因工程、酶工程、发酵工程和化学工程等方面的基础理论和知识，接受微生物细胞和动植物细胞培养、基因重组等现代生物技术与工程方面的基础训练，使学生具备从事生物产品的制备、提取与纯化和工艺过程及设备的研究、设计、开发、优化控制等方面的能力。生物工程专业的应用范围广阔，涉及生物制品、基因工程产品、生物能源、酶制剂、精细化工产品、轻工食品及添加剂等产品的生产技术开发和工业设计，也涉及到农业、环境、海洋等领域的应用。毕业后可到医药、轻工、食品、环境工程等部门从事科研、技术开发、工艺及设备设计、教学和经营管理工作，或进一步学习深造，还可从事商贸、进出口等工作。本专业毕业生适应能力强，社会需求量大，就业情况良好。